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国家微生物科学数据中心（National Microbiology Data Center ，NMDC）于2019年6月经科技部、财政部通知公布，由中科院微生物研究所作为依托单位建设。中心按照2018年国家发布的《科学数据管理办法》，承担微生物领域科学数据汇交管理、共享与服务工作，中心建立了微生物领域完善的数据体系，数据内容覆盖微生物资源、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术、合成生物学等交叉学科以及微生物文献、专利、专家、成果等知识库，重点推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚与整合，为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科学数据资源共享服务。

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